Увеличил объём диска, пока на 5Gb. Он таки продолжал медленно сокращаться и у меня возникли сомнения, что оставшегося места будет хватать для упаковки бэкапа.
Впервые работаю с VPS с динамической конфигурацией, порадовался, насколько бесшовно происходит эта операция для файловой системы ОС.